29 Ocak 2013 Salı

Real Time PCR nedir?

1- Real Time PCR nedir?
2- Avantajları ve dezavantajları

PCR reaksiyonlarında sıcaklık döngüleri sağlamak için kullanılan cihazların (thermocycler) hassas ölçüm aletleriyle birleştirilmesi, real-time PCR olarak adlandırılan yeni bir yöntem gelişmiştir.

Real-time PCR ürünlerinin kalitatif ve kantitatif analizlerinde, diziye özgün olmayan floresan boyalardan ya da diziye özgün problardan yararlanılmaktadır. Böylece sonuçlar anında alınmakta, kontaminasyon riski azalarak tüm işlemler sıcaklık döngüleri başlayınca otomatik olarak devam etmektedir.

Kullanım Alanları

Virus varlığının ve miktarının belirlenmesi
Patojen saptanması
SNP varlığının belirlenmesi
DNA hasar tespiti
Kromozomlardaki sayısal, yapısal bozuklukların analizi
RNA çalışmaları
Metilasyon tespiti

Avantajları

Eş zamanlı olarak sonuç alınabilmesi
Hızlı sonuç alınması
Kontaminasyon riskinin çok az olması
Nicel ve nitel olarak sonuç alınabilmesi
Non spesifik bir bağlanma olmaması
Sonuç almak için ikinci bir tekniğe ihtiyaç duyulmaması

Dezavantajları

Kullanılan malzemenin pahalı olması
Sadece bilinen mutasyonları tanıması
Protokol oluşturmak için çok gelişmiş bir sisteme ihtiyaç var.

DNA Replikasyon/ Translasyon/ Transkripsiyon


Biyolojik Silahlar


Biyolojik saldırı mikroorganizmaların yada mikroorganizmalara ait toksinlerin insanlara karşı, özellikle epidemik karakterde hastalık oluşturmak üzere planlı bir şekilde kullanılmasını ifade eder .

Bu tanımdan yola çıkarak askeri yapılanmaları hedef alan saldırılar "biyolojik savaş", sivil halkı hedef alan saldırılar ise "biyoterörizm" olarak tanımlanır.Diğer taraftan biyolojik savaş sadece insanları değil aynı zamanda hayvanları ve bitkileri de hedef alabilir.

Bu güne kadar biyolojik silah üretimi amacıyla üzerinde çalışıldığı tespit edilen, biyolojik silah olarak kullanılan veya kullanılma potansiyeline sahip olan önemli mikroorganizmalar ve toksinleri bilinmektedir. Bu ajanlar Amerika Birleşik Devletleri'ndeki (ABD) Hastalık Kontrol ve Önleme Merkezi (CDC) tarafından dikkate alınarak kategorize edilmiştir. Listede virus, bakteri, riketsiya, protozoon ve toksinler yer almaktadır. Bu listeye girmeyen bazı parazit (Ascaris suum, Giardia lamblia vb), toksin ve bitki ajanlarının da biyolojik silah olarak kullanılma olasılığı göz ardı edilmemelidir.

Geçmişte güney Amerika yerlilerinin kürar ve deniz canlılarından elde ettikleri toksinleri ok zehiri olarak kullanmaları en eski örnek olarak kabul edilir. Yine eski çağlarda kadavralar ve hayvan leşlerinin su kaynaklarını kirletmek amacıyla kullanımı da ilk örnekler arasında sayılabilir.

On dördüncü yüzyılda Tatarların bugün Ukrayna sınırlarında yer alan Feodossia (Kaffa) şehrini kuşatmaları sırasında kendi ölülerine ait vebalı kadavraları mancılıklarla şehre attıkları ve böylece bir salgın oluşturarak dengeyi lehlerine çevirdikleri iddia edilmektedir. Amerikan Bağımsızlık Savaşında da çiçek hastalarının battaniyeleri karşı tarafa gönderilerek İngiliz Koloni Ordusunda kayıplara neden olunmuştur.

Modern anlamda biyolojik silah kavramı ise biyolojik ajanların bir bomba yardımıyla aerosol veya sprey şeklinde kullanımını kapsar. Bu yaklaşıma uyan ilk deneme 1923 yılında Fransızlar tarafından Paris yakınlarında hayvanlar üzerinde yapılmıştır.


Takiben 1943-1968 yılları arasında biyolojik silahlanma çalışmaları oldukça yoğunlaşmış, ABD ve eski sovyetler birliği (SSCB) başta olmak üzere bir çok ülkede bu yöndeki çalışmalar sürdürülmüştür.

İkinci dünya savaşı yıllarında Japonya'nın Çin şehirlerine çok sayıda biyolojik saldırı düzenlediği ABD'nin ise B. antrachis sporları ile doldurulmuş en az 5000 adet biyolojik bomba hazırladığı ve bazı saha denemeleri yaptığı bilinmektedir.

Yirminci yüzyılın başlarında biyolojik silahlara karşı oluşan yoğun ilgi ve yaygın kullanım girişimleri üzerine 1925 yılında Cenova Protokolü imzalanmıştır. Bu protokolle stratejik olarak biyolojik silahların (i) kullanımı, (ii) geliştirilmesi, üretilmesi ve stoklanmasının uluslar arası düzeyde yasaklanması, ve (iii) biyolojik silahların artmasına yönelik caydırıcı tedbirler ve ulusal politikaların geliştirilmesi hedeflenmiştir.

Ancak bir çok ülke Cenova protokolünü imza tarihinden önceki faaliyetleriyle ilişkilendirmemiştir. Ayrıca 2. Dünya Savaşı ve sonrasındaki soğuk savaş ortamı biyolojik silahlanma çabalarını gündemde tutmuş ve Cenova protokolü bu anlamda başarısız olmuştur.

ABD'nin 1969 yılında biyolojik silahlanma programını durdurması ile oluşan yeni ortamda 1972 yılında Biyolojik Silahlar Konvansiyonu (BWC) imzalanmıştır. Takip eden yıllarda 140'dan fazla ülke bu konvansiyonu onaylamıştır.

En Güzel Kapı Süsüm...


HAP-MAP Projesi..

Herhangi iki insan arasındaki benzerliğin 99.9% olduğunu   ortaya koyan proje sonucunda 0.1% lik farkın ne olduğunu belirlemek için   yapılan ikinci bir proje oluşturuldu. “HapMap” denilen bu harita, genetik değişimlerin belirleyicisini, yani tek nükleotid polimorfimzleri (SNP-single nucleotide polymorphisms) gösteren daha detaylı bir haritadır.

Yeni harita SNP’lerin bölge bölge gruplandığını (haplotipler) ve enformasyon blokları olarak insandan insana kalıtım yoluyla geçtiğini gösteriyor.İnsanlarda yaklaşık 10 milyon SNP bulunuyor ve bir araya gelmiş bir SNP setine  ise“haplotip” deniliyor. SNP’ler, insanın genetik şifresini oluşturan üç milyar DNA harfi  içerisinde farklı dizilimleri gösteriyor.

Asya, Afrika ve ABD’den 269 kişinin kanlarından alınan DNA örneklerini kullanarak HapMap haritasını geliştirdi.

2002’de başladı.
2005’de Faz I bulguları yayımlandı.
2007’de Faz II bulguları yayımlandı.
2009’da Faz III bulguları yayımlandı.

Genom Çalışmaları Tarihi