Eksom Yakalama ve Sekanslama ( Exome Sequencing)

Genomda kodlanan bölgelere ait dizileri tanıma ve dizileme stratejisi olarak tanımlanabilmektedir. Genomda yaklaşık olarak 180.000 den fazla ekson mevcuttur, bu eksonların toplam uzunluğu genomun 1% ‘i kadardır. Ekson yakalama işleminde genomda var olan kodlanan bölgeler yani eksonların tamamı eksomlar, splize bölgeleri ve miRNAları içermekte iken genlerin 5’ ve 3’ UTR ( Untranslated region) kısımları hariçtir.

Eksom yakalama protokolü: Eksonik bölgelerde olan mutasyonlar ile ilgili hastalıkların anlaşılmasında kullanılmaktadır ve üç büyük firma birbirinde küçük farklar ile ticari kit üretmektedir. Ticari olarak üretilen bu kitler: Hibridize tek zincirli kalıp DNA ile kaplı problar, zenginleştirme solüsyonu içermektedir. Hastalık ilişkili genlerin eksom verileri ile başa çıkabilmek 4 farklı metot mevcuttur:

v     Nadir varyantı olan genlerin patojenik olan birçok hastada mevcut olması

v     De novo mutasyonlar

v     Eksom sekanslamadan önce bağlantı analizi gerçekleştirmek

v     Sadece eksom sekans verileri kullanılarak bağlantılı analizi gerçekleştirmek

Eksom Yakalama Yöntemleri Avantaj ve Dezavantajları

Avantajları:

Bireyler ve popülasyonlar için tüm genom görünümünü sağlar, Mendelyan hastalıklar ile ilgili varyasyonları belirlemeye yardımcıdır,  Tümör doku- hücrelerinde somatik mutasyonların belirlenmesi sağlar, varyantların ortak özellikleri belirlenebilir, popülasyonlar üzerinde varyasyonların sıklığının belirlenmesinde kullanılmaktadır. Klinik ve moleküler teşhise yardımcıdır ve Analiz, maliyet ve zamandan kar sağlanması genomun %1 /  ~ 20x daha ucuzdur.

 Dezavantajları:

Önemli pozitif ya da negatif yanlış oranlar ortaya çıkmasına neden olur. Eksonda olmayan varyasyonların tespit edilememesi, yeni tespit edilen varyantların yorumunun zor olması, sonuçların doğrulanabilmesi için fenotip gerekli olması olarak sıralanabilir.

1) Bilguvar, K., Ozturk, AK., Louvi, A. 2010. Whole-exome sequencing identifies recessive WDR62 mutations in severe brain malformations. Nature, 467: 207–210.

2)Brasa, JM., Singleton, AB.2011.Exome sequencing in Parkinson’s disease. Clin Genet, 80: 104–109.,

3)Desmond, ST.2008. An Introduction to genetic engineering  Nicholl University of the west of Scotland Paisley, Cambridge University Pres. İngiltere.